特區政府2004年通過之〈教育條例〉要求全港津貼學校成立法團校董會。天主教香港教區於過去多年於高等法院、上訴法院及終審法院提出司法覆核，反對是項措施。司法覆核最終於終審法院作出裁決，天主教香港教區的司法覆核敗訴。本會尊重法庭的裁決，但對是項裁決深感失望及遺憾。
本會自1882年開始在香港辦學，目前有11間小學及8所中學，除新開辦學校與教育局簽訂合約需成立有限公司或法團校董會外，於2000年之前開辦之學校，本會仍繼續以辦學團體身份，按本會辦學宗旨統籌及管理。本會雖反對成立法團校董會，但本會19所中、小學均已按校本原則成立校董會，成員除辦學團體代表外，四成校董由校友、獨立人士和屬校教師家長透過選舉產生其代表，以體驗校政民主化，公平開放之管治。
終審法庭的裁決，只表示從法律的角度而言，法例並沒有違憲，但並不表示法例合情合理。本會仍堅持一向的立場，反對政府目前所倡議之學校法團化的法例，現再行重申：
一．
學校民主開放管治與成立法團校董會無關，官立學校均沒有成立法團校董會；而本會各校董會亦已按校本原則組成。
二．學校之宗旨、使命與方針，辦學團體實責無旁貸盡力維護及貫徹。辦學宗旨、使命與方針不能以民主共商之方式達成，而是根據辦學團體之辦學信念、經驗和按社會實際情況所訂定，本會之學校在過往獲得社會各界人士和家長之支持和欣賞，亦基於本會之辦學宗旨和方針獲普遍接納與認同。
三．〈教
育條例〉將聘任校長之權責交與法團校董會。但校長最重要職責之一乃領導學校實踐辦學宗旨和使命，並使其得以貫徹之關鍵性人物，聘任之權責理應由辦學團體負責。
四．學校每隔五年需要與教育局簽訂服務合約。教育局要求合約由法團校董會簽訂。但學校是由辦學團體向教育局承辦，故此簽訂服務合約理應是辦學團體，而非校董會。